В целом надо сказать, что git и Mercurial считаются двумя лучшими представителями распределенных систем контроля версий. Оба достаточно хороши и отлично решат наши задачи так что практическая разница между ними невелика.

Плюсы Git:

1. Локальные бранчи. Это очень полезная возможность.

2. Большая популярность по сравнению с Mercurial. По моим впечатлениям материалов по git в сети в 3-4 раза больше, вероятно, количество пользователей находится в похожей пропорции.

3. Легкость переноса open-source вещей на GitHub. Для Mercurial, насколько я знаю, нет ничего подобного.

4. git-svn может быть большим плюсом если нам понадобится интеграция с svn. Можно, например, работать поверх svn-репозитория заказчика, выкладывая туда только стабильные изменения — это будет значительно проще, чем вести параллельные бранчи в SVN.

Плюсы Mercurial:

1. Легче для понимания и изучения, судя по большинству источников.

2. Исторически лучше поддерживает Windows, меньше проблем с настройкой.

Меня больше привлекает git, его уникальные преимущества заметно перевешивают недостаки, а статус самой популярной DVCS позволяет полагать, что и развиваться он будет быстрее конкурентов.

Материалы по теме

• Why git is better than X
• Why I chose Mercurial
• Why I chose Git
• Git vs Mercurial
• Git vs. Mercurial: Please Relax
• Revisiting Git and Mercurial
• Git vs. Mercurial: Please Relax
• What are the relative strengths and weaknesses of Git, Mercurial, and Bazaar?
• Use Mercurial, you Git!
• A rebuttal to “Use Mercurial You Git”